Κάθε μάθημα (εκτός της διπλωματικής εργασίας) περιλαμβάνει τρεις ώρες διδασκαλίας εβδομαδιαίως επί οκτώ εβδομάδες.  Σε ορισμένα μαθήματα απαιτείται η διεξαγωγή εργαστηριακών ασκήσεων.  Για τη διπλωματική εργασία καθορίζεται ως ελάχιστος ενδεικτικός χρόνος οι 20 ώρες εβδομαδιαίως.  Η παρακολούθηση των μαθημάτων και των εργαστηριακών ασκήσεων είναι υποχρεωτική.

Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

1. Μικροβιακή Ποικιλότητα

2. Μικροοργανισμοί ως κυτταρικά εργοστάσια

3. Ενζυμική Βιοτεχνολογία

4. Πρότυπα μικροβιακά συστήματα - μοριακοί μηχανισμοί

 

Β΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

1. Συμβιωτικοί μικροοργανισμοί - Γενετικά Τροποποιημένοι Οργανισμοί (Genetically Modified Organisms: GMO)

2. Μικροβιακή διαχείριση αποβλήτων και ρυπαντών (Microbial treatment of waste water and environmental pollutants)

3. Μηχανισμοί αλληλεπίδρασης μικροβίων με ανώτερους οργανισμούς (Microorganism – plant interaction mechanisms and their role in “new” agriculture)

4. Ανάλυση γονιδιωμάτων μικροοργανισμών και Μοριακή Εξέλιξη - in silico προσεγγίσεις (Genome analysis and its role in pathogen control or in the utilization of new genes)

 

Γ΄& Δ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

1. Αρχές Συστημικής και Συνθετικής Βιολογίας

2. Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Postgraduate Research Thesis: MSc Thesis)

Κάθε επιτυχώς εξεταζόμενο μάθημα πιστώνεται στους φοιτητές με 4 διδακτικές μονάδες (δηλαδή 8 μαθήματα x 4 διδακτικές μονάδες = 32 διδακτικές μονάδες για το σύνολο μαθημάτων).  Η διπλωματική εργασία συνολικά πιστώνεται με 28 διδακτικές μονάδες.  Επομένως για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. απαιτούνται 32+28 = 60 διδακτικές μονάδες.

 

Ενδεικτικό Περιεχόμενο Μαθημάτων

 

Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

 

1. ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΠΟΙΚΙΛΟΤΗΤΑ

Διαλέξεις

1. Εισαγωγή - Η σημασία της μελέτης της μικροβιακής ποικιλότητας ως προς την εξεύρεση νέων βιοτεχνολογικών προϊόντων

2. Αρχαίοι προκαρυωτικοί μικροοργανισμοί

3. Εντερική μικροχλωρίδα του ανθρώπου: ένα οικοσύστημα προς εξερεύνηση

4. Βιολογική παγοπυρήνωση: αρχές, σημασία για το περιβάλλον, εφαρμογές

5. Μικροβιακοί βιοαισθητήρες: αρχές, ανάπτυξη και εφαρμογές

6. Ο ρόλος και οι εφαρμογές των οξυγαλακτικών βακτηρίων στα τρόφιμα και την υγεία

7. Θετικά κατά Gram βακτήρια: Η βιοτεχνολογική σημασία των Ακτινοβακτηρίων

8. Μεθανοτροφικά – Μεθυλοτροφικά βακτήρια

9. Βιολογία και Βιοχημεία αρνητικών κατά Gram βακτηρίων

10. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΣΕΜΙΝΑΡΙΟ

Συντονίστρια: Καθηγήτρια Α. Δ. Καραγκούνη

Επιστροφή στη κορυφή

 

2. ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ ΩΣ ΚΥΤΤΑΡΙΚΑ ΕΡΓΟΣΤΑΣΙΑ

Διαλέξεις

1. Βασικές αρχές βιοαντιδραστήρα, αναζήτηση νέων μεταβολιτών και ενζύμων

2. Κινητική μικροβιακής αύξησης και εφαρμογές στη Βιομηχανία

3. Πρότυπα μικροβιακά συστήματα για την παραγωγή πρωτεϊνών και μικρού ΜΒ ενώσεων

4. Μικροβιακή βιοτεχνολογία δευτερογενών μεταβολιτών υψηλής αξίας

5. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΣΕΜΙΝΑΡΙΟ

Συντονιστής: Επικ. Καθηγητής Δ. Χατζηνικολάου

Επιστροφή στη κορυφή

 

3. ΕΝΖΥΜΙΚΗ  ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ

Διαλέξεις:

1. Ονοματολογία ενζύμων - Ορισμοί ενζυμικής δραστηριότητας - Μέθοδοι ανίχνευσης προϊόντων ενζυμικών δράσεων

2. Τύποι ενζυμικής αναστολής από το υπόστρωμα δράσης - Ειδικές κατηγορίες ενζυμικής κινητικής

3. Είδη ενζυμικών αντιδραστήρων - Εξαγωγή κινητικών μοντέλων ενζυμικών αντιδραστήρων - Ανάπτυξη και χρήση λογισμικού προσομοίωσης ενζυμικών διεργασιών

4. Μεθοδολογία απομόνωσης και καθορισμού πρωτεϊνών – Μέθοδοι υγρής χρωματογραφίας

5. Εφαρμογές ενζύμων στη βιομηχανία τροφίμων. Ενζυμική δραστικότητα και σταθερότητα - Επίδραση του pH και της θερμοκρασίας στη σταθερότητα και δραστικότητα των ενζύμων. Ενζυμική απενεργοποίηση – κινητική.

6. Μικροβιακή Συνδυαστική Βιοσύνθεση: Σχεδιασμός νέων πολυκετιδικών φαρμάκων

Συντονιστής: Επικ. Καθηγητής Δ. Χατζηνικολάου

Επιστροφή στη κορυφή

 

4. ΠΡΟΤΥΠΑ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΑ ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ - ΜΟΡΙΑΚΟΙ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ

Διαλέξεις

1. Εισαγωγή - Η ανάγκη χρήσης πρότυπων μικροβιακών συστημάτων στη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης

2. Η περμεάση λακτόζης ως μοντέλο μελέτης σχέσεων δομής-λειτουργίας στις διαμεμβρανικές πρωτεΐνες μεταφοράς

3. Συγκριτική λειτουργική γονιδιωματική ανάλυση παραγόντων της πρωτεϊνοσύνθεσης σε προκαρυωτικούς και ευκαρυωτικούς οργανισμούς

4. Το παράδειγμα της χρήσης μυκήτων στην κλωνοποίηση και διερεύνηση του ρόλου γονιδίων από ανώτερα φυτά και τον άνθρωπο

5. Μηχανισμοί τοπογένεσης πρωτεϊνών στο Σακχαρομύκητα, Βιβλιογραφία (1, 2, 3)

6. Leishmania tarantolae, ένα πρότυπο ευκαρυωτικό κυτταρικό σύστημα με Βιοτεχνολογικές εφαρμογές

7. To Dictyostelium discoideum ως ευκαρυωτικός οργανισμός μοντέλο.

8. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΣΕΜΙΝΑΡΙΟ

Συντονιστής: Καθηγητής Γ. Διαλλινάς

Επιστροφή στη κορυφή  

 

Β΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

 

5. ΣΥΜΒΙΩΤΙΚΟΙ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ - ΓενετικΑ Τροποποιημενοι Οργανισμοι (GMO)

Διαλέξεις

1. Στόχοι-Σκοπιμότητα-Κίνδυνοι κατά την καλλιέργεια γενετικά τροποποιημένων φυτών

2. Agrobacterium, Baccilus thuringiesis: their role at plant pathogenesis, as biocontrol agents against plant pathogens an at plant genetic engineering

3. Γενετικά Τροποποιημένοι και Διλήμματα

4. Η πρόκληση των Γενετικά Τροποποιημένων Οργανισμών; πόσο απειλούν τη δημόσια υγεία και το περιβάλλον

5. Συμβιωτικά βακτήρια εντόμων: ανεξερεύνητη μικροβιακή ποικιλότητα και βιοτεχνολογικές εφαρμογές

6. Οι ιοί ως εργαλεία στην κατασκευή εμβολίων, τη διάγνωση και την ανακάλυψη φαρμάκων

7. Ανίχνευση Γενετικά Τροποποιημένων Οργανισμών – Μια συνεχής αυξανόμενη πρόκληση

8. Δειγματοληψία για ανίχνευση Γενετικά Τροποποιημένων Προϊόντων.

9. Εισαγωγή στα συστήματα ποιότητας

10. Νομοθετικό Πλαίσιο για τα Γενετικά Τροποποιημένα Προϊόντα

11. ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΣΕΜΙΝΑΡΙΟ

Συντονίστρια: Καθηγήτρια Α.Δ. Καραγκούνη

Επιστροφή στη κορυφή

 

6. ΜικροβιακΗ διαχεΙριση αποβλΗτων και ρυπαντΩν

Διαλέξεις:

1. Γεωχημικές εφαρμογές αποβλήτων σε εδάφη και καλλιέργειες

2. Διαχωρισμός αποβλήτων-ρυπαντών.

3. Ταξινόμηση αποβλήτων, Στερεά-Υγρά-Αέρια: αστικά ή βιομηχανικά.

4. Σημασία και βιοτεχνολογικές εφαρμογές των φυκών

5. Διαχείριση νερού (επιφανειακό νερό και υπόγειο νερό).

6. Διαχείριση αστικών λυμάτων. Διαχείριση νερού (νερό ατμόσφαιρας).

7. Μικροβιακή διαχείριση οργανικών ρυπαντών.

8. Σύγχρονες προσεγγίσεις στη διαχείριση των αποβλήτων ελαιουργείων

9. Ετερογενείς Βιολογικές Διεργασίες

Συντονιστής: Επικ. Καθηγητής Δ. Χατζηνικολάου

Επιστροφή στη κορυφή

 

7. Μηχανισμοι αλληλοεπιδρασης μικροβιων ΜΕ ΑΝΩΤΕΡΟΥΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΥΣ

Διαλέξεις

1. Παραγωγή φυτών ανθεκτικών σε ξηρασία και αλατότητα

2. Βιοτεχνολογία τους δευτερογενούς μεταβολισμού.

3. OMICS, αντισώματα βαριάς αλυσίδας VHH και μοριακά σχήματα παρουσίασης σε βακτηριοφάγους. Εφαρμογές στα φυτά και όχι μόνο.

4. Μοριακοί μηχανισμοί αλληλεπίδρασης ριζοβίων-ψυχανθών

5. Συμβιωτικές σχέσεις φυτών - βακτηρίων και φυτών –μυκήτων. Γενετικές & Μοριακές ομοιότητες συμβιωτικών σχέσεων φυτών -βακτηρίων και μυκοριζών

6. RNA σίγηση. Ένας Μηχανισμός Ρύθμισης και Άμυνας στους Ευκαρυώτες

7. Διοργανισμική μεταφορά μικροβιακών πρωτεϊνών : Μοριακή Βιολογία και Βιοτεχνολογικές εφαρμογές

8. Μοριακή Ιολογία- Αλληλεπίδρασες Ιών-Φυτών

9. Φυτοπαθογόνα βακτήρια- Μοριακή φυτοπαθολογία

Εργαστηριακές ασκήσεις

1. Γενετική Μηχανική : Απομόνωση Τμήματος DNA από πήκτωμα αγαρόζης και κλωνοποίηση σε πλασμίδιο (Εργαστηριακή άσκηση του προπτυχιακού μαθήματος «Ειδικά Θέματα Μοριακής και Εφαρμοσμένης Μικροβιολογίας)

2. Γενετική Μηχανική : Μετασχηματισμός δεκτικών βακτηριακών κυττάρων και επιλογή ανασυνδυασμένου πλασμιδίου (Εργαστηριακή άσκηση του προπτυχιακού μαθήματος «Ειδικά Θέματα Μοριακής και Εφαρμοσμένης Μικροβιολογίας)

Συντονιστής: Καθηγητής Γ. Διαλλινάς

Επιστροφή στη κορυφή 

 

8. Αναλυση γονιδιωματων μικροοργανισμων και ΜΟΡΙΑΚΗ ΕΞΕΛΙΞΗ - IN SILICO ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ

Διαλέξεις

1. Ερμηνεύοντας το metabolome

2. Metabolic control analysis: Προσέγγιση προς τη Συστημική Βιολογία

3. Η χρήση των μοριακών τεχνικών στην ανιχνεύσει και την επιδημιολογία της μικροβιακής αντοχής στα αντιμικροβιακά φάρμακα. Η χρήση των μοριακών τεχνικών στην ανίχνευση του αιτιολογικοού παράγοντα της λοίμωξης

4. Μικροβιακή Ιδιωματική

5. Ομικές τεχνολογίες για τη μελέτη και χαρακτηρισμό μοριακών κοινοτήτων

6. Τεχνολογίες αντίστροφης γενετικής σε πρότυπους νηματοειδής μύκητες

7. Γονιδιωματική και Πρωτεωμική

8. Ασκήσεις Μικροβιακής Γονιδιωματικής

Συντονιστής: Καθηγητής Γ. Διαλλινάς

Επιστροφή στη κορυφή 

 

Γ΄ & Δ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

 

9. ΑΡΧΕΣ ΣΥΣΤΗΜΙΚΗΣ ΚΑΙ ΣΥΝΘΕΤΙΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ

Διαλέξεις

1. Εισαγωγή στις Βασικές Έννοιες της Συστημικής και Συνθετικής Βιολογίας

2. Αρχές Μεταβολικής Ρύθμισης (Metaboiomics)

3. Μεθοδολογίες συστημικής ανάλυσης δεδομένων γονιδιακής έκφρασης

4. Βιοπληροφορικές μεθοδολογίες δομικής ανάλυσης γενωμικών/μεταγενωμικών δεδομένων, φυλογενετική ανάλυση, λειτουργικός χαρακτηρισμός μεταγονιδιωμάτων

5. Εργαστηριακό μάθημα / πρακτική άσκηση στις 2 προαναφερθείσες ενότητες

6. Ορθολογικός Σχεδιασμός Φαρμάκων - Εισαγωγή στην ανάλυση NMR

7. Μαθηματικές συσχετίσεις γονιδιακής ρύθμισης και πρωτεϊνικής έκφρασης/δράσης

8. Σχεδιασμός Στοιχειωδών Βιολογικών κυκλωμάτων και μεταβολικών δικτύων σε πρότυπα βακτηριακά συστήματα - Εργαστηριακή επίδειξη σχετικών αλγορίθμων στο MATLAB

Συντονιστής: Επικ. Καθηγητής Δ. Χατζηνικολάου

 

10. ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΗ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ

(Έναρξη από Γ΄ Εξάμηνο)

Προτείνονται θέματα από τους διδάσκοντες.  Η επιλογή των μεταπτυχιακών φοιτητών για κάθε θέμα γίνεται μετά από υποβολή δηλώσεων προτίμησης.  Η διεξαγωγή της εργασίας πραγματοποιείται στους χώρους του Τμήματος Βιολογίας ή/και σε συνεργαζόμενα ερευνητικά εργαστήρια.  Κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται στην διεξαγωγή και συγγραφή ξεχωριστής διπλωματικής εργασίας.

Επιστροφή στη κορυφή